建立科学、规范、可操作性强的税收制度是新时期税制建设的发展方向，更是市场经济发展的客观要求，增值税作为我国的主体税种，在几经发展和变革中，由于受到客观经济条件制约，以及实际经济生活的快速变化，存在着制度设计层面上的缺憾，给具体的政策执行者带来了操作上的难度，导致在管理方面存在一些问题。现阐述如下：
　　一、现阶段增值税管理方面存在的问题
    （一）增值税的征收范围较窄，在税制结构和管理方面存在的问题
    1、运输行业征收营业税，其实质是对增值税税制体系的割裂。因为货物运输是货物生产流通的中介环节，在这个环节不征增值税而征营业税，人为地割断了增值税专用发票链条式管理的税制体系。运输单位购进的配件、修理支出、燃料费用等均属于投入物，本身都负担了增值税，对运输费用只扣7%的增值税是扣除不到位，加重了企业增值额的税负。从管理角度来讲，由于运输费用和货物价格划分不清，也给税务机关带来了很大的麻烦，增值税和营业税分别由国税、地税两个税务执法部门分别管理，使国地税两家在这个问题上产生扯皮现象，其实质不是国税、地税两家的问题，而是一个需要改革税制才能彻底解决的税制问题。
    2、建筑业没有列入增值税的征税范围，不利于建材供应行业的税收征管。建筑业消耗着大量的建筑材料，而这些建筑材料在我国都属于应征收增值税的货物，由于建筑行业缴纳营业税，不需要抵扣增值税，也不需要取得进项增值税发票，因此增值税的链条在此断裂，大部分建材经销企业就会想方设法通过少开发票而达到偷逃税的目的。只有把建筑业列入增值税的征税范围，才有利于国家对建筑材料销售单位的税收管理，减少销售建筑材料而造成的税收流失。
    （二）固定资产进项税额抵扣方面的问题……